【掲載誌リスト】
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| 掲 載 誌 | サブタイトル | 変更時のタイトル | 再録／備考 |
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週刊少年キング |
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S39（1964）30号〜 |
「誕生」編 | ||
| 「暗殺者」編 | 黒い幽霊団 | 講談社カラー版 ＭＦ新書版収録時に変更 |
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| 「放浪」編 | |||
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S40（1965）39号〜 |
「ベトナム」編 「ミュートス・サイボーグ」編 |
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S41（1966）4号 |
「高い城の男」編 | ||
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別冊少年キング（『サイボーグ戦士』） |
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S40（1965）1月号 |
「プロローグ」 | |
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8・9月号 |
「真空戦争の巻」 | ||
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11月号 |
「オーロラ作戦の巻」 | 新（ノイエ）ナチス | 秋田サンデーC収録時に変更 |
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S41（1966）1月号 |
「黄金のライオン」編 | ||
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2月号 |
「まぼろしの犬」編 | クビクロ | 秋田サンデーC収録時に変更 |
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週刊少年マガジン |
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S41（1966）27号 |
「誕生」編 | ・増刊冒険王 S42(1967)9/10号 （少年Ｍ版『誕生』編の改変版） |
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S41（1966）30号〜 |
｢地下帝国“ヨミ”｣編 | ||
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別冊少年マガジン |
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S41（1966）夏季号 |
「雷電」編 |
上成博士救出作戦 |
・別冊冒険王S42(1967)夏季号 |
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月刊冒険王 |
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S42（1967）5月号 |
「怪人島」編 | 怪物島 | 秋田サンデーC収録時に変更 |
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S43（1968）1月号 |
「中東」編 | 砂漠のモーゼ | |
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2月〜5月号 |
「移民」編 | ||
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6月〜8月号 |
「ローレライの歌」編 | ||
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9月〜S44/1月号 |
「海の底」編 | ||
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S44/2月〜6月号 |
「天使」編 | ||
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月刊ＣＯＭ |
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S44（1969）10月号〜 |
「神々との闘い」編 | 小説版がＳＷ12巻に収録 | |
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中一時代 |
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S46（1971）1月号付録 |
「サイボーグ009対三億円犯人」編 | ||
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たのしい幼稚園 |
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S47（1972）3月号 |
「きょうりゅうサイボーグ」編 | ||
| 週刊少女コミック | |||
| S50（1975）38号 | 「風の都」編 | ||
| S51（1976） 7号 | 「雪のカーニバル」編 | ||
| 31〜33号 | 「エッダ（北欧神話）」編 | ||
| 月刊少年ジャンプ | |||
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S51（1976）6月号 |
「ディノニクス｣編 | ・S52/5月増刊号 ・『小学六年生』H13/12月号別冊付録 |
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| 週刊プレイコミック | |||
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S51（1976）8/12号 |
「グリーン･ホール」編 | ||
| 増刊冒険号 | |||
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S52（1977）正月号 |
「怪奇星」編 | ||
| 月刊マンガ少年 | |||
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S52（1977）7月号〜 |
「海底ピラミッド」編 | ||
| 週刊少年マガジン | |||
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S53（1978）2号 |
「幻影島」編 | (後、増刊号に再録) | |
| 週刊少年サンデー | |||
| S54（1979）9号 | 「北の巨人コナン編」 | ||
| 13〜19号 | 「黄金の三角地帯編」 | ||
| 20〜26号 | 「極北の幽霊編」 | ||
| 27〜33号 | 「アステカ編」 | ||
| 34〜40号 | 「未来都市編」 | ||
| 41号 | 「愛の氷河編」 | ||
| 42号 | 「機々械々編」 | ||
| 43・44号 | 「凍る秋」編 | ||
| 45号 | 「パッシング・ショット」編 | ||
| 46号 | 「血の精霊」編 | ||
| 47・48号 | 「めるへん星の花」 | メルヘン星の花 | 少年サンデーC収録時に変更 |
| 49号 | 「ベビー・ポピンズ」編 | ||
| 50号 | 「結晶時間」編 | 凍った時間 | 少年サンデーC収録時に変更 |
| 51・52号 | 「水霊の泉」編 | ||
| S55（1980）1号 | 「サイボーグ戦士 誰がために戦う！」編 | ||
| 2号 | 「張々湖飯店繁昌録」編 | ||
| 3+4号 | 「赤い靴」編 | ||
| 5+6号・7号 | 「さらばネッシー」編 | ||
| 8〜14号 | 「イシュタルの竜」編 | ||
| 15号 | 「雪割草交響曲」 | ||
| 16〜18号 | 「ファラオ・ウィルス」編 | ||
| 19号 | 「ザ・モダーン・ナルシス」編 | ||
| 20号 | 「七ツの子」編 | ||
| 21号 | 「見えない糸」編 | ||
| 22号〜30号 | 「コスモ・チャイルド」編 | ||
| 31号 | 「山手線梅雨風景」編 | ||
| 32・33号 | 「星祭りの夜」編 | ||
| 34号 | 「幻の蝶 （アカボシウスバシロチョウ）」編 |
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| 35号 | 「イルカと少年」編 | ||
| 36・37号 | 「変身
メタモルフォーゼ （ロミオとジュリエット）」編 |
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| 38〜42号 | 「アフロディーテ （美と快楽の帝国）」編 |
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| 43〜51号 | 「スター・マーメイド伝説 （Den Lille Havfrue）」編 |
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| 52号 | 「ザ・ディープ・スペース （THE INNER SPACE TRIP）」編 『惑星００１』 |
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| S56（1981）1号 | 『惑星００２』 | ||
| 2+3号 | 『惑星００３』 | ||
| 4+5号 | 『惑星００４』 | ||
| 6号 | 『惑星００５』 | ||
| 7号 | 『惑星００６』 | ||
| 8号 | 『惑星００７』 | ||
| 9号 | 『惑星００８』 | ||
| 10号 | 『惑星００９』 | ||
| 11号 | 『そして惑星…』 | ||
| 少年ビッグコミック | |||
| S54（1979）7号 | 「サルガッソー異次元海」編 （サイボーグ009対新・黒い幽霊団局地戦シリーズNo.1） |
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| 11号 | 「目と耳」編 | ||
| 14号 | 「誘拐」編 | ||
| 17号 | 「父と子」編 | ||
| 22号 | 「走れ！兄ちゃん」編 | ||
| 24号 | 「機械仕掛けの心臓」編 | ||
| S55（1980）6号 | 「動物園にて…」編 | ||
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プレイコミック |
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| 昭和53年（1978年） | 「四次元半 襖の下張り」 | 004が登場するが本来は別の話 | |
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少年チャレンジ |
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| 昭和54（1979）年4月号 | 「素足のザンジバル」 | 少年サンデーC収録時に 009達を加筆 |
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| ＳＦアニメディア | |||
| S60（1985）年創刊号 | 「時空間漂流民」編 『メイディ』 |
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| VOL.2 | 『呪いの縄』 | ||
| VOL.3 | 『ポンペイの少女の巻』 | ポンペイの少女 | 学研ノーラコミックス収録時に変更 |
| VOL.4 | 『ゾンビ都市』 | ||
| S61（1986）VOL.6 | 『エピローグ(前)』 | 永遠に… | 学研ノーラコミックス収録時に変更 |
| コミックＮＯＲＡ | |||
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S61（1986）9月号 |
｢時空間漂流民｣編 『エピローグ(後)』 |
永遠に… | 学研ノーラコミックス収録時に変更 |
| サンケイ新聞 | |||
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H4（1992）年１/１掲載 |
「緊急シュミレーション１９９２」編 | ||
【原作リスト 番外編】
| ＳＦロマン（朝日ソノラマ）『サイボーグ００９』（小説） ※秋田書店豪華版23巻に収録 | |
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昭和53（1978）年２月発行 |
構成／石森プロ 挿絵／石森章太郎 |
| 石森章太郎作品集別巻〜ＳＦアラカルト（サンリオ）『神々との闘い〔一〕（小説）』 | |
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昭和53（1978）年１０月発行 |
ISFC（石ノ森章太郎FC）会誌掲載作品・未完 |
| マンガ少年別冊『海底ピラミッド総集編２』『サンジェルマン伯爵』 | |
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昭和54(1979)年９月発行 |
「海底ピラミッド」編の補足として描き下ろし |
【単行本リスト】
| 秋田書店 | 秋田サンデーコミックスシリーズ | １５巻 |
| 講談社 | カラー版（上製本）シリーズ | 全７巻（絶版） |
| 小学館 | ｢文庫版｣シリーズ | 全１５巻（絶版） |
| 朝日ソノラマ | サイボーグ００９その世界 | 全１巻 |
| 小学館 | 少年サンデーコミックスシリーズ | 全１２巻（絶版） |
| 秋田書店 | ｢豪華版｣シリーズ | 全２３巻 |
| 秋田書店 | ｢文庫版｣シリーズ | 全２３巻（23巻は2004年3月10日発売） |
| 学研 | ノーラコミックス｢時空間漂流民｣ | 全１巻 |
| メディアファクトリー社 | Shotaro Worldシリーズ | 全２８巻 |
| メディアファクトリー社 | ＭＦコミックスシリーズ | 全３６巻 |
